[kevshaw@451]$ history
     1  ls
     2  cd blast
     3  ls
     4  blastp -db nr -word_size 2 -comp_based_stats 0 -matrix PAM30 -gapopen 9 -gapextend 1 -evalue 2000 -query pancetta
     5  cd ..
     6  ls
     7  cd doc
     8  ls
     9  mkdir ex
    10  cd ex
    11  wget https://yea4.us/451/ps/ps07/6y3ca.tar.gz
    12  tar zxvf 6y3ca.tar.gz
    13  wget https://yea4.us/451/ps/ps07/pscrp.gz
    14  gzip -d pscrp.gz
    15  chmod x pscrp
    16  wget https://yea4.us/451/ps/ps07/264781.tar.gz
    17  tar zxvf 264781.tar.gz
    18  nano pscrp
    19  ./pscrp
    20  ls
    21  ./pscrp
    22  nano pscrp
    23  ./pscrp
    24  history | wget
    25  history | grep wget
    26  wget https://yea4.us/451/ps/ps07/pscrp.gz
    27  gzip -d pscrp.gz
    28  ls
    29  rm -ef 000*
    30  rm -rf 000*
    31  ls
    32  rm -rf 00011*
    33  rm -rf 00012*
    34  rm -rf 00014*
    35  ls
    36  rm -rf 0011*
    37  rm -rf 0012*
    38  rm -rf 0014*
    39  ls
    40  rm -rf 0010*
    41  rm -rf 0013*
    42  rm -rf 0015*
    43  ls
    44  rm -rf 0016*
    45  ls
    46  chmod x pscrp
    47  ./pscrp
    48  ./pscrp | xargs -l -p 20 vina
    49  ./pscrp | xargs -l -P 20 vina
    50  ls
    51  cd 001757428587/
    52  ls
    53  less out.pdbqt
    54  head -30 out.pdbqt
    55  head -45 out.pdbqt
    56  head -48 out.pdbqt
    57  head -48 out.pdbqt | grep ^ATOM
    58  head -48 out.pdbqt | grep ^ATOM | less
    59  head -48 out.pdbqt
    60  less out.pdbqt
    61  head -48 out.pdbqt | grep ^ATOM
    62  cat ../6Y3CA.pdbqt
    63  cat ../6Y3CA.pdbqt > complex.pdb
    64  cp ../6Y3CA.pdbqt complex2.pdb
    65  ls -l
    66  head -48 out.pdbqt | grep ^ATOM >> complex.pdb
    67  less complex.pdb
    68  molauto complex.pdb
    69  history
    70  primer3
    71  cd ../../pcr
    72  cd
    73  cd pcr/
    74  ls
    75  less pbr322.p3
    76  primer3 pbr322.p3
    77  cd
    78  cd pcr/
    79  primer3 pbr322.p3 | grep 1_SEQUENCE
    80  primer3 pbr322.p3 | grep 1_SEQUENCE > primers
    81  nano primers
    82  blastn -db human_genomic -word_size 7 -evalue 1000 -soft_masking false -query primers
    83  cd
    84  mkdir phylo
    85  cd phylo/
    86  wget https://yea4.us/451/data/myog.gz
    87  gzip -dv myog.gz
    88  ls
    89  less myog
    90  wget https://yea4.us/451/data/cytc.gz
    91  gzip -d cytc.gz
    92  less cytc
    93  clustalw
    94  ls
    95  less cytc.aln
    96  less cytc.dnd
    97  nano cytc.dnd
    98  drawtree
    99  ls
   100  convert plotfile tree.jpg
   101  drawtree
   102  convert plotfile tree.jpg
   103  clustalo myog
   104  clustalo -i ]myog
   105  clustalo -i myog
   106  ls
   107  cd
[kevshaw@451]$