[kevshaw@451]$ history
     1  date
     2  cd mt
     3  mkdir mt
     4  cd mt
     5  wget https://yea4.us/451/exam/mt/ra.pdb
     6  molauto ra.pdb | less
     7  molauto ra.pdb | head -9
     8  molauto ra.pdb | head -9 > ra.ms
     9  molauto ra.pdb | grep A
    10  molauto ra.pdb | grep A >> ra.ms
    11  less ra.ms
    12  molauto ra.pdb | grep B >> ra.ms
    13  molauto ra.pdb | tail -2 >> ra.ms
    14  nano ra.ms
    15  molscript < ra.ms > ra.ps
    16  convert ra.ps ra.jpg
    17  nano ra.ms
    18  molscript < ra.ms > ra.ps
    19  convert ra.ps ra.jpg
    20  nano ra.ms
    21  molscript < ra.ms > ra.ps
    22  convert ra.ps ra.jpg
    23  cat ra.pdb
    24  cat ra.pdb | less
    25  naccess ra.pdb
    26  tail ra.rsa
    27  gfp -fc 2x0ba
    28  ls
    29  naccess 2X0BA.pdb
    30  tail 2X0BA.rsa ; ra.rsa
    31  tail 2X0BA.rsa ; tail ra.rsa
    32  bc
    33  python3
    34  gfp -f 3ud6
    35  molauto 3UD6.pdb | molsort > 3ud6.ms
    36  nano 3ud6.ms
    37  molscript < 3ud6.ms > 3ud6.ps
    38  convert 3ud6.ps 3ud6.jpg
    39  nano 3ud6.ms
    40  molscript < 3ud6.ms > 3ud6.ps
    41  convert 3ud6.ps 3ud6.jpg
    42  grep '^ATOM.* LYS ' 3UD6.pdb
    43  grep '^ATOM.* LYS ' 3UD6.pdb | less
    44  nano 3ud6.ms
    45  molscript < 3ud6.ms > 3ud6.ps
    46  convert 3ud6.ps 3ud6.jpg
    47  wget https://dunbrack.fccc.edu/pisces/download/pdbaa.gz
    48  ls
    49  gzip -dv pdbaa.gz
    50  less pdbaa
    51  nano psuedofasta2oneline
    52  chmod x psuedofasta2oneline
    53  ./psuedofasta2oneline pdbaa
    54  ./psuedofasta2oneline pdbaa > newfile
    55  time ./psuedofasta2oneline pdbaa > newfile
    56  grep SALARY newfile
    57  grep SALARY newfile | wc -l
    58  grep SALARY newfile | less
    59  cd
    60  mkdir ss
    61  cd ss
    62  less ../mt/3UD6.pdb
    63  gfp -f 9rnt
    64  dssp 9RNT.pdb
    65  dssp 9RNT.pdb | less
    66  cal
    67  cd
[kevshaw@451]$