[kevshaw@451]$ history
     1  date
     2  cd seq
     3  ls
     4  rm *
     5  ls
     6  wget http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/saccharomyces_cerevisiae/dna/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz
     7  less Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz
     8  ls -al
     9  gzip -dv Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz
    10  ls -al
    11  gzip -V
    12  mv Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa yeast.fa
    13  ls -al
    14  samtools faidx yeast.fa
    15  bwa index yeast.fa
    16  ls -al
    17  wget https://yea4.us/451/data/SRR507778_1.fastq.gz
    18  gzip -dv SRR507778_1.fastq.gz
    19  less SRR507778_1.fastq
    20  head -20000 SRR507778_1.fastq > 1.fastq
    21  wget https://yea4.us/451/data/SRR507778_2.fastq.gz
    22  gzip -dv SRR507778_2.fastq.gz
    23  ls -al
    24  head -20000 SRR507778_2.fastq > 2.fastq
    25  ls -al
    26  rm SRR507778_*
    27  ls -al
    28  bwa -h
    29  bwa --help
    30  bwa
    31  bwa mem yeast.fa 1.fastq 2.fastq > yeast.sam
    32  ls -al
    33  less yeast.sam
    34  samtools sort -O BAM -T . -l 0 -o yeast.bam yeast.sam
    35  samtools view yeast.bam | less
    36  samtools mpileup -f yeast.fa -C yeast.cram yeast.bam | less
    37  samtools view -T yeast.fa -C -o yeast.cram yeast.bam
    38  samtools mpileup -f yeast.fa yeast.cram | less
    39  bcftools mpileup -Ou -f yeast.fa yeast.bam | bcftools call -vmO z -o snps.vcf.gz
    40  less snps.vcf.gz
    41  history
    42  ls
    43  rm *
    44  ls
    45  wget http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/saccharomyces_cerevisiae/dna/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz
    46  wget https://yea4.us/451/data/SRR507778_1.fastq.gz
    47  wget https://yea4.us/451/data/SRR507778_2.fastq.gz
    48  ls -al
    49  gzip *.gz
    50  gzip -d *.gz
    51  ls -al
    52  nano seqcall
    53  chmod x seqcall
    54  ls -al
    55  head -20000 SRR507778_1.fastq > 1.fastq
    56  head -20000 SRR507778_2.fastq > 2.fastq
    57  mv Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa yeast.fa
    58  ls -al
    59  ./seqcall yeast.fa 1.fastq 2.fastq
    60  nano seqcall
    61  ./seqcall yeast.fa 1.fastq 2.fastq
    62  ls
    63  less snps.vcf.gz
    64  cat seqcall
    65  df -k
    66  man df
    67  cd /tmp
    68  ls
    69  pwd
    70  cd ..
    71  ls -al
    72  cd
    73  env
    74  env | less
    75  cd seq
    76  ls
    77  cd
[kevshaw@451]$