[kevshaw@451]$ history
     1  mkdir mt
     2  cd mt
     3  ls
     4  ls -al
     5  gfp -f 1nw9
     6  molauto 1NW9.pdb | molsort > 1nw9.out
     7  less 1nw9.out
     8  head -12 1nw9.out > 1nw9.ms
     9  cat 1nw9.ms
    10  grep 'A[0-9]' 1nw9.out
    11  grep 'A[0-9]' 1nw9.out >> 1nw9.ms
    12  grep 'B[0-9]' 1nw9.out >> 1nw9.ms
    13  tail -2 1nw9.out >> 1nw9.ms
    14  rm 1nw9.out
    15  nano 1nw9.ms
    16  molscript < 1nw9.ms > 1nw9.ps
    17  convert 1nw9.ps 1nw9.jpg
    18  nano 1nw9.ms
    19  molscript < 1nw9.ms > 1nw9.ps
    20  convert 1nw9.ps 1nw9.jpg
    21  nano 1nw9.ms
    22  molscript < 1nw9.ms > 1nw9.ps
    23  convert 1nw9.ps 1nw9.jpg
    24  nano 1nw9.ms
    25  molscript < 1nw9.ms > 1nw9.ps
    26  convert 1nw9.ps 1nw9.jpg
    27  naccess 1NW9.pdb
    28  tail -4 1NW9.rsa
    29  gfp -fc 1nw9a
    30  gfp -fc 1nw9b
    31  naccess 1NW9A.pdb
    32  naccess 1NW9B.pdb
    33  tail -4 1NW9A.rsa
    34  tail -4 1NW9B.rsa
    35  bc
    36  grep ^ATOM 1NW9.pdb | less
    37  grep '^ATOM.* A ' 1NW9.pdb | less
    38  hbplus 1NW9.pdb
    39  less 1NW9.hb2
    40  grep '^A.* B' 1NW9.hb2
    41  grep '^B.* A' 1NW9.hb2
    42  wget http://dunbrack.fccc.edu/pisces/download/pdbaa.gz
    43  gzip -d pdbaa.gz
    44  less pdbaa
    45  nano psuedofasta2oneline
    46  chmod x psuedofasta2oneline
    47  ./psuedofasta2oneline pdbaa
    48  ./psuedofasta2oneline pdbaa > newfile
    49  grep 'LGHA[A-Z]' newfile
    50  grep 'LGHD[A-Z]' newfile
    51  grep 'LGHD[A-Z]' newfile
    52  grep 'LGHDA' newfile | wc -l
    53  grep 'LGHDC' newfile | wc -l
    54  grep 'LGHDD' newfile | wc -l
    55  grep 'LGHDE' newfile | wc -l
    56  grep 'LGHDF' newfile | wc -l
    57  grep 'LGHDG' newfile | wc -l
    58  grep 'LGHDH' newfile | wc -l
    59  grep 'LGHDI' newfile | wc -l
    60  cd
    61  rm -rf mt
    62  ls
    63  mkdir sa
    64  cd sa
    65  nano alignmetn
    66  ls
    67  wget https://yea4.us/451/data/hpr
    68  less hpr
    69  grep > hpr
    70  less hpr
    71  wget https://yea4.us/451/data/hpr
    72  mv hpr.1 hpr
    73  ls
    74  grep '>' hpr
    75  grep '>' hpr | wc -l
    76  clustalw
    77  cd
[kevshaw@451]$