[kevshaw@451]$ history
     1  date
     2  cd rat
     3  ls
     4  ls -l
     5  bwa mem rat.fa ERR4470506.fastq > 506.sam
     6  ls -l
     7  echo 'bwa mem rat.fa ERR4470506.fastq > 506.sam'
     8  echo 'bwa mem rat.fa ERR4470506.fastq > 506.sam' > s
     9  nano s
    10  date
    11  date -h
    12  date --help
    13  date --help | less
    14  date -d 'YYYYMMDD'
    15  date -d='YYYYMMDD'
    16  date -d '%s'
    17  date -d %s
    18  date %s
    19  date %s
    20  ls
    21  ls -l
    22  samtools sort -O BAM -T . -l O -o 506.bam 506.sam
    23  ls -l
    24  echo 'samtools sort -O BAM -T . -l O -o 506.bam 506.sam'
    25  echo 'samtools sort -O BAM -T . -l O -o 506.bam 506.sam' >> s
    26  nano s
    27  bcftools mpileup -Ou -f rat.fa 506.bam | bcftools call -vmO z -o snps.vcf.gz
    28  ls -l
    29  echo 'bcftools mpileup -Ou -f rat.fa 506.bam | bcftools call -vmO z -o snps.vcf.gz'
    30  echo 'bcftools mpileup -Ou -f rat.fa 506.bam | bcftools call -vmO z -o snps.vcf.gz' >> s
    31  nano s
    32  ls
    33  gzip -d snps.vcf.gz
    34  echo 'gzip -d snps.vcf.gz'
    35  echo 'gzip -d snps.vcf.gz' >> s
    36  nano s
    37  chmod x s
    38  ls
    39  ls -l
    40  ./s ERR4470506.fastq
    41  ls -l
    42  cd
[kevshaw@451]$