[kevshaw@451]$ history
     1  date
     2  mkdir ps10
     3  cd ps10
     4  wget https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR403105/SRR403105
     5  fastq-dump --split-spot SRR403105
     6  ls
     7  less SRR403105.fastq
     8  cd
     9  mkdir rat
    10  cd rat
    11  wget https://yea4.us/451/data/rat.tar.gz
    12  cd
    13  ls
    14  cd rat
    15  sftp a882179@yea4.us
    16  ls
    17  ls -l
    18  rm *
    19  cd
    20  rmdir rat
    21  sftp kevshaw@10.37.103.223
    22  ls
    23  cd /u
    24  ls
    25  cd /
    26  ls
    27  cd /u/blastdb
    28  su
    29  cd
    30  ls
    31  rm rat.tar.gz
    32  mkdir rat
    33  cd rat
    34  cp /u/blastdb/rat.tar.gz
    35  cp /u/blastdb/rat.tar.gz .
    36  ls
    37  tar xzvf rat.tar.gz
    38  ls -l
    39  head -20 rat.fa
    40  grep ^> rat.fa
    41  less rat.
    42  less rat.fa
    43  tar xzvf rat.tar.gz
    44  grep '^>' rat.fa
    45  ls
    46  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR447/006/ERR4470506/ERR4470506.fastq.gz
    47  gzip -dv ERR4470506.fastq.gz
    48  less ERR4470506.fastq
    49  bwa mem -t 4 rat.fa ERR4470506.fastq
    50  bwa mem -t 4 rat.fa ERR4470506.fastq > 506.sam
    51  bcftools mpileup -Ou -f rat.fa 506.sam | bcftools call -vmO z -o snps506.vcf.gz
    52  samtools sort -O BAM -T . -l O -o 506.bam 506.sam
    53  bcftools mpileup -Ou -f rat.fa 506.bam | bcftools call -vmO z -o snps506.vcf.gz
    54  gzip -d snps506.vcf.gz
    55  less snps506.vcf
    56  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR447/007/ERR4470507/ERR4470507.fastq.gz
    57  ls
    58  gzip -dv ERR4470507.fastq.gz
    59  bwa mem -t 4 rat.fa ERR4470507.fastq > 507.sam
    60  samtools sort -O BAM -T . -l O -o 507.bam 507.sam
    61  bcftools mpileup -Ou -f rat.fa 507.bam | bcftools call -vmO z -o snps507.vcf.gz
    62  gzip -d snps507.vcf.gz
    63  less snps507.vcf
    64  grep ^[0-9MXY] snps506.vcf
    65  grep ^[0-9MXY] snps506.vcf | wc -l
    66  grep ^[0-9MXY] snps507.vcf | wc -l
    67  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR447/008/ERR4470508/ERR4470508.fastq.gz
    68  bwa mem -t 4 rat.fa ERR4470508.fastq > 508.sam
    69  gzip -dv ERR4470508.fastq.gz
    70  bwa mem -t 4 rat.fa ERR4470508.fastq > 508.sam
    71  samtools sort -O BAM -T . -l O -o 508.bam 508.sam
    72  bcftools mpileup -Ou -f rat.fa 508.bam | bcftools call -vmO z -o snps508.vcf.gz
    73  ls
    74  gzip -dv snps508.vcf.gz
    75  grep ^[0-9MXY] snps508.vcf | wc -l
    76  cd
[kevshaw@451]$