[kevshaw@451]$ history
     1  ls
     2  cd pcr
     3  ls
     4  less primer1
     5  cd
     6  less pcr/primer1
     7  mkdir seq
     8  cd seq/
     9  ls
    10  cd
    11  mkdir dnaseq
    12  cd dnaseq/
    13  wget http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/saccharomyces_cerevisiae/dna/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz
    14  ls
    15  gzip -dv Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz
    16  ls -l
    17  mv Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa yeast.fa
    18  ls -l
    19  less yeast.fa
    20  grep '>' yeast.fa
    21  samtools
    22  samtools | less
    23  samtools
    24  samtools faidx yeast.fa
    25  ls
    26  less yeast.fa
    27  less yeast.fa.fai
    28  cat /proc/cpuinfo
    29  bwa index yeast.fa
    30  wget wget http://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR507/SRR507778/SRR507778_1.fastq.gz
    31  ftp ftp.sra.ebi.ac.uk
    32  ls -l
    33  gzip -dv *.gz
    34  ls -l
    35  less SRR507778_1.fastq
    36  tail -4 SRR507778_1.fastq
    37  head -20000 SRR507778_1.fastq > 1.fastq
    38  ls -l
    39  head -20000 SRR507778_2.fastq > 2.fastq
    40  ls -l
    41  bwa mem yeast.fa 1.fastq 2.fastq > yeast.sam
    42  ls
    43  less yeast.sam
    44  samtools sort -O BAM -T . -l 0 -o yeast.bam yeast.sam
    45  ls -l
    46  less yeast.bam
    47  samtools view yeast.bam | less
    48  cd
    49  .holidaze/chanukah
[kevshaw@451]$