[kevshaw@451]$ history
     1  date
     2  ls
     3  mkdir mt
     4  cd mt
     5  ls
     6  gfp -fc 3edra
     7  gfp -fc 3edrb
     8  ls
     9  cat 3EDRA.pdb 3EDRB.pdb > 2edr.pdb
    10  cat 3EDRA.pdb 3EDRB.pdb | less
    11  ls
    12  mv 2edr.pdb 3edr.pdb
    13  ls
    14  molauto 3edr.pdb | molsort > 3edr.ms
    15  nano 3edr.ms
    16  molscript < 3edr.ms > 3edr.ps
    17  convert 3edr.ps 3edr.jpg
    18  gfp -f 3edr
    19  less 3EDR.pdb
    20  molauto 3EDR.pdb | molsort > 3EDR.ms
    21  ls
    22  nano 3EDR.ms
    23  molscript < 3EDR.ms > 3EDR.ps
    24  convert 3EDR.ps 3EDR.jpg
    25  nano 3EDR.ms
    26  molscript < 3EDR.ms > 3EDR.ps
    27  convert 3EDR.ps 3EDR.jpg
    28  naccess 3EDR.pdb
    29  cat 3EDR.rsa
    30  gfp -fc 3edre
    31  ls
    32  naccess 3EDRE.pdb
    33  cat 3EDRE.rsa
    34  bc
    35  grep ^SEQRES 3EDR.pdb
    36  grep ^SEQRES 3EDR.pdb | grep ' A '
    37  grep '^SEQRES.* A' 3EDR.pdb
    38  grep '^SEQRES.* A ' 3EDR.pdb
    39  grep '^SEQRES.* A ' 3EDR.pdb > a
    40  cat a
    41  grep '^SEQRES.* B ' 3EDR.pdb > b
    42  cat b
    43  nano aacnt
    44  chmod x aacnt
    45  ./aacnt b.txt
    46  ./aacnt b
    47  ./aacnt a
    48  cp aacnt tmp
    49  nano tmp
    50  cat tmp
    51  cat tmp | sed 's/ALA/CYS/g' >> aacnt
    52  ./aacnt b
    53  less aacnt
    54  cat tmp | sed 's/ALA/GLN/g' >> aacnt
    55  cat tmp | sed 's/ALA/GLU/g' >> aacnt
    56  cat tmp | sed 's/ALA/GLY/g' >> aacnt
    57  less aacnt
    58  cat tmp | sed 's/ALA/HIS/g' >> aacnt
    59  cat tmp | sed 's/ALA/ILE/g' >> aacnt
    60  cat tmp | sed 's/ALA/LEU/g' >> aacnt
    61  cat tmp | sed 's/ALA/LYS/g' >> aacnt
    62  cat tmp | sed 's/ALA/MET/g' >> aacnt
    63  cat tmp | sed 's/ALA/PHE/g' >> aacnt
    64  cat tmp | sed 's/ALA/PRO/g' >> aacnt
    65  cat tmp | sed 's/ALA/SER/g' >> aacnt
    66  cat tmp | sed 's/ALA/THR/g' >> aacnt
    67  cat tmp | sed 's/ALA/TRP/g' >> aacnt
    68  cat tmp | sed 's/ALA/TYR/g' >> aacnt
    69  cat tmp | sed 's/ALA/VAL/g' >> aacnt
    70  ./aacnt a
    71  ./aacnt b
    72  cat aacnt
    73  ./aacnt b
    74  cd
    75  mkdir ps3
    76  cd ps3
    77  wget https://homepages.thm.de/~hg12640/2017-11-18.pdbsel
    78  less 2017-11-18.pdbsel
    79  cat 2017-11-18.pdbsel | cut -c9-13
    80  cat 2017-11-18.pdbsel | cut -c9-13 | tail -20
    81  cat 2017-11-18.pdbsel | cut -c9-13 | tail -20 | xargs -l gfp -fc
    82  ls
    83  less 1HCCA.pdb
    84  run-naccess
    85  ls
    86  accres res=ASP *.rsa
    87  ls
    88  hbplus 1HCCA.pdb
    89  less 1HCCA.hb2
    90  cat 1HCCA.hb2 | grep SS
    91  cd ..
    92  mkdir ps4
    93  cd ps4
    94  ls
    95  cp ../ps3/*.pdb .
    96  ls
    97  ls *.pdb | xargs -l hbplus > hbplus-std-out-file
    98  cat hbplus-std-out-file
    99  cat hbplus-std-out-file | less
   100  hbcnt hbplus-std-out-file
   101  cal
   102  cd
[kevshaw@451]$