[kevshaw@451]$ history
     1  cd seq
     2  ls
     3  rm *
     4  wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/saccharomyces_cerevisiae/dna/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz
     5  wget https://yea4.us/451/data/SRR507778_1.fastq.gz
     6  wget https://yea4.us/451/data/SRR507778_2.fastq.gz
     7  ls -l
     8  gzip -dv *.gz
     9  ls -l
    10  mv Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa yeast.fa
    11  ls
    12  samtools faidx yeast.fa
    13  bwa index yeast.fa
    14  ls
    15  head -20000 SRR507778_1.fastq > 1.fastq
    16  head -20000 SRR507778_2.fastq > 2.fastq
    17  ls -l
    18  bwa mem yeast.fa 1.fastq 2.fastq > yeast.sam
    19  less yeast.sam
    20  samtools sort -O BAM -T . -l 0 -o yeast.bam yeast.sam
    21  ls
    22  bcftools mpileup -Ou -f yeast.fa yeast.bam | bcftools call -vmO z -o snps.vcf.gz
    23  gzip -dv snps.vcf.gz
    24  less snps.vcf
    25  history
    26  history > aseq
    27  nano aseq
    28  ls
    29  rm snps.vcf
    30  rm yeast.bam yeast.sam
    31  ls
    32  rm yeast.fa.*
    33  ls
    34  rm SR*
    35  ls
    36  chmod x aseq
    37  ./aseq
    38  ls
    39  nano aseq
    40  ls
    41  less snps.vcf
    42  history
    43  rm snps.vcf
    44  rm yeast.bam yeast.sam
    45  rm yeast.fa.*
    46  ls
    47  ./aseq yeast.fa
    48  less snps.vcf
    49  cat aseq
    50  cat aseq | sed 's/1.fastq/$2/g'
    51  cat aseq | sed 's/1.fastq/$2/g' | sed 's/2.fastq/$3/g'
    52  cat aseq | sed 's/1.fastq/$2/g' | sed 's/2.fastq/$3/g' > tmp
    53  cat tmp
    54  mv tmp aseq
    55  ls
    56  less aseq
    57  chmod x aseq
    58  ls
    59  history
    60  rm snps.vcf
    61  rm yeast.bam yeast.sam
    62  rm yeast.fa.*
    63  ls
    64  ./aseq yeast.fa 1.fastq 2.fastq
    65  ls
    66  chmod 000 aseq
    67  ls -l
    68  ./aseq
    69  chmod x aseq
    70  ls -l
    71  ./aseq
    72  chmod 644 aseq
    73  ls -l
    74  chmod 664 aseq
    75  ls -l
    76  chmod 764 aseq
    77  ls -l
    78  history
    79  ./aseq yeast.fa 1.fastq 2.fastq
    80  ls
    81  ls -l
    82  history
    83  rm snps.vcf
    84  rm yeast.bam yeast.sam
    85  rm yeast.fa.*
    86  ls
    87  rm 1.fastq 2.fastq
    88  ls
    89  wget http://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR700/SRR700096/SRR700096.fastq.gz
    90  ftp ftp.sra.ebi.ac.uk
    91  ps
    92  kill -9 166356
    93  ps
    94  cd
[kevshaw@451]$