[kevshaw@451]$ history
     1  gfp -f 7c8d
     2  molauto 7C8D.pdb | molsort > 7c8d.ms
     3  less 7c8d.ms
     4  head -12 7c8d.ms
     5  head -12 7c8d.ms > tmp
     6  cat tmp
     7  grep A[0-9] 7c8d.ms
     8  grep A[0-9] 7c8d.ms | less
     9  grep A[0-9] 7c8d.ms >> tmp
    10  grep B[0-9] 7c8d.ms >> tmp
    11  tail -1 7c8d.ms >> tmp
    12  less tmp
    13  mv tmp 7c8d.ms
    14  nano 7c8d.ms
    15  molscript
    16  molscript < 7c8d.ms > 7c8d.ps
    17  convert 7c8d.ps 7c8d.jpg
    18  history
    19  nano 7c8d.ms
    20  molscript < 7c8d.ms > 7c8d.ps
    21  convert 7c8d.ps 7c8d.jpg
    22  nano 7c8d.ms
    23  molscript < 7c8d.ms > 7c8d.ps
    24  convert 7c8d.ps 7c8d.jpg
    25  nano 7c8d.ms
    26  molscript < 7c8d.ms > 7c8d.ps
    27  convert 7c8d.ps 7c8d.jpg
    28  nano 7c8d.ms
    29  cat 7c8d.ms | sed -e s/cpk/ball-and-stick/g | less
    30  cat 7c8d.ms | sed -e s/cpk/ball-and-stick/g > tmp
    31  mv tmp 7c8d.ms
    32  less 7c8d.ms
    33  molscript < 7c8d.ms > 7c8d.ps
    34  convert 7c8d.ps 7c8d.jpg
    35  naccess 7C8D.pdb
    36  cat 7C8D.rsa
    37  gfp -fc 7c8db
    38  cat 7C8DB.pdb
    39  cat 7C8DB.pdb | less
    40  naccess 7C8DB.pdb
    41  cat 7C8DB.rsa
    42  bc
    43  cat 7C8DB.pdb
    44  grep '^ATOM|TER.* B ' 7C8D.pdb
    45  egrep '^ATOM|TER.* B ' 7C8D.pdb
    46  egrep '^ATOM|TER.* B ' 7C8D.pdb > 7C8DB-hard.pdb
    47  ls -l
    48  less 7C8DB-hard.pdb
    49  egrep '^ATOM|TER[a-zA-Z0-9 ]* B ' 7C8D.pdb > 7C8DB-hard.pdb
    50  ls -l
    51  ls
    52  grep SEQRES 7C8D.pdb
    53  grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B '
    54  grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B ' | cut -c20-70
    55  grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B ' | cut -c20-70 | tr ' ' '\n'
    56  grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B ' | cut -c20-70 | tr ' ' '\n' | grep TRP
    57  grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B ' | cut -c20-70 | tr ' ' '\n' | grep TRP | wc -l
    58  echo "grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B ' | cut -c20-70 | tr ' ' '\n' | grep TRP | wc -l" > tmp
    59  nano tmp
    60  chmod x tmp
    61  ./tmp 7C8D.pdb
    62  cat tmp | sed -e s/ALA/TRP/g
    63  cat tmp | sed -e s/TRP/ALA/g
    64  cat tmp | sed -e s/TRP/ALA/g > composition
    65  cat tmp | sed -e s/TRP/ARG/g >> composition
    66  cat tmp | sed -e s/TRP/ASN/g >> composition
    67  less composition
    68  man wc
    69  chmod x composition
    70  ./composition 7C8D.pdb
    71  echo "grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B ' | cut -c20-70 | tr ' ' '\n'
    72  grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B ' | cut -c20-70 | tr ' ' '\n'
    73  grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B ' | cut -c20-70 | tr ' ' '\n' | wc -w
    74  man wc
    75  grep SEQRES 7C8D.pdb | grep ' B ' | cut -c20-70 | tr ' ' '\n' | sort
    76  mkdir number4
    77  cd number4/
    78  ls
    79  wget https://homepages.thm.de/~hg12640/2017-11-18.pdbsel
    80  grep '^ '
    81  grep '^ ' 2017-11-18.pdbsel
    82  grep '^ ' 2017-11-18.pdbsel | cut -c9-13
    83  grep '^ ' 2017-11-18.pdbsel | cut -c9-12
    84  grep '^ ' 2017-11-18.pdbsel | cut -c9-13
    85  grep '^ ' 2017-11-18.pdbsel | cut -c9-13 | head -10 | gfp -fc
    86  ls
    87  less 5D8VA.pdb
    88  run-naccess
    89  ls
    90  accres res=GLY *.rsa
    91  accres res=ALA *.rsa
    92  history
    93  ls
    94  cd
    95  ls
    96  hbplus pdb9rnt.ent
    97  ls
    98  less pdb9rnt.hb2
[kevshaw@451]$