[kevshaw@451]$ history
     1  ls .h*
     2  .holidaze/chanukah
     3  clear
     4  bcftools
     5  bcftools | less
     6  ls
     7  cd s
     8  ls
     9  rm 1.1*
    10  rm 1.2*
    11  ls
    12  rm 2.1*
    13  ls
    14  rm 2.2*
    15  ls
    16  rm final*
    17  ls
    18  rm full.sam
    19  ls
    20  ls -al
    21  cd
    22  clear
    23  reagan
    24  cd s
    25  las
    26  ls
    27  ls -l
    28  ftp ftp.ncbi.nlm.nih.gov
    29  ls -l
    30  less snps.vcf
    31  mkdir quick
    32  cp 1.fastq quick/
    33  cp 2.fastq quick/
    34  cp yeast.fa quick/
    35  cd quick
    36  ls
    37  bwa index yeast.fa
    38  bwa mem yeast.fa 1.fastq 2.fastq > yeast.sam
    39  ls -l yeast.sam
    40  less yeast.sam
    41  samtools sort -O BAM -T . -l 0 -o yeast.bam yeast.sam
    42  ls -l
    43  bcftools mpileup -Ou -f yeast.fa yeast.bam | bcftools call -vmO z -o snsp.vcf.gz
    44  ls -l
    45  gzip -dv snsp.vcf.gz
    46  less snsp.vcf
    47  history
    48  nano snpcall
    49  chmod x snpcall
    50  ls -l
    51  rm *.vcf
    52  rm yeast.bam
    53  rm yeast.fa.a*
    54  rm yeast.fa.[a-z]*
    55  ls
    56  ls -al
    57  rm yeast.sam
    58  ls
    59  ./snpcall yeast.fa 1.fastq 2.fastq
    60  ls -l
    61  cat snpcall
    62  rm yeast.fa.[a-z]*
    63  ls -l
    64  cd
[kevshaw@451]$