[kevshaw@451]$ history
     1  date
     2  cd p
     3  ls
     4  cd ..
     5  ls
     6  cd phyl
     7  ls
     8  drawtree
     9  convert plotfile plot.jpg
    10  drawtree
    11  convert plotfile plot.jpg
    12  drawtree
    13  convert plotfile plot.jpg
    14  less myog.dnd
    15  cat /proc/cpuinfo | less
    16  cd
    17  ls
    18  ls -l
    19  rm -r s
    20  mkdir s
    21  cd s
    22  ls
    23  ls -l
    24  ls -al
    25  wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/saccharomyces_cerevisiae/dna/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz
    26  ls
    27  ls -l
    28  gzip -dv Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz
    29  ls -l
    30  less Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa
    31  grep '^>' Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa
    32  mv Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa yeast.fa
    33  ls -l
    34  samtools -h
    35  samtools
    36  samtools | less
    37  samtools faidx yeast.fa
    38  ls -l
    39  less yeast.fa.fai
    40  bwa
    41  bwa index yeast.fa
    42  ls -l
    43  less yeast.fa.bwt
    44  less yeast.fa.pac
    45  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR507/SRR507778/SRR507778_1.fastq.gz
    46  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR507/SRR507778/SRR507778_2.fastq.gz
    47  ls -l
    48  gzip -dv *.gz
    49  ls -l *.fastq
    50  head -10 SRR507778_1.fastq
    51  head -12 SRR507778_1.fastq
    52  ls
    53  mv SRR507778_1.fastq 1.fastq
    54  mv SRR507778_2.fastq 2.fastq
    55  ls -l
    56  mv 2.fastq SRR507778_2.fastq
    57  mv 1.fastq SRR507778_1.fastq
    58  ls -l
    59  head -20000 SRR507778_1.fastq > 1.fastq
    60  head -20000 SRR507778_2.fastq > 2.fastq
    61  ls -l
    62  bwa mem yeast.fa 1.fastq 2.fastq > yeast.sam
    63  ls
    64  less yeast.sam
    65  samtools sort -O BAM -T . -l 0 -o yeast.bam yeast.sam
    66  ls -l
    67  less yeast.bam
    68  samtools view yeast.bam | less
    69  samtools view -T yeast.fa -C -o yeast.cram yeast.bam
    70  less yeast.cram
    71  samtools mpileup -f yeast.fa yeast.cram | less
    72  samtools mpileup -f yeast.fa yeast.cram | wc -l
    73  bcftools mpileup -Ou -f yeast.fa yeast.bam | bcftools call -vmO z -0 snps.vcf.gz
    74  bcftools mpileup -Ou -f yeast.fa yeast.bam
    75  bcftools mpileup -Ou -f yeast.fa yeast.bam | bcftools call -vmO z -o snps.vcf.gz
    76  ls
    77  ls -l
    78  gzip -dv snps.vcf.gz
    79  less snps.vcf
    80  cd
[kevshaw@451]$