[kevshaw@451]$ history
     1  w
     2  mkdir mt
     3  cd mt
     4  gfp -f 1NW9
     5  ls
     6  molauto 1NW9.pdb | molsort >1nw9.ms
     7  nano 1nw9.ms
     8  head -12 1nw9.ms > 1nw9.build
     9  less 1nw9.build
    10  grep " A" 1nw9.ms
    11  grep " A" 1nw9.ms >> 1nw9.build
    12  less 1nw9.build
    13  grep " B" 1nw9.ms >> 1nw9.build
    14  echo "end_plot" >> 1nw9.build
    15  mv 1nw9.build 1nw9.ms
    16  nano 1nw9.ms
    17  molscript < 1nw9.ms > 1nw9.ps
    18  convert 1nw9.ps 1nw9.jpg
    19  nano 1nw9.ms
    20  molscript < 1nw9.ms > 1nw9.ps
    21  convert 1nw9.ps 1nw9.jpg
    22  nano 1nw9.ms
    23  molscript < 1nw9.ms > 1nw9.ps
    24  convert 1nw9.ps 1nw9.jpg
    25  nano 1nw9.ms
    26  molscript < 1nw9.ms > 1nw9.ps
    27  convert 1nw9.ps 1nw9.jpg
    28  naccess 1NW9.pdb
    29  less 1NW9.rsa
    30  gfp -fc 1nw9a
    31  gfp -fc 1nw9b
    32  naccess 1NW9A.pdb
    33  naccess 1NW9B.pdb
    34  tail -1 1NW9A.rsa ; tail -1 1NW9B.rsa ; tail -1 1NW9.rsa
    35  bc
    36  wget http://dunbrack.fccc.edu/Guoli/culledpdb_hh/pdbaa.gz
    37  gzip -dv pdbaa.gz
    38  gzip -1v pdbaa
    39  gzip -d pdbaa.gz
    40  gzip -9v pdbaa
    41  gzip -dv pdbaa.gz
    42  less pdbaa
    43  nano far
    44  chmod x far
    45  far pdbaa > pdbc
    46  ./far pdbaa > pdbc
    47  less pdbc
    48  grep LGHD pdbc | wc -l
    49  grep LGHD[A-Z] pdbc | wc -l
    50  grep LGHD[ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY] pdbc | wc -l
    51  grep LGHDA pdbc | wc -l
    52  BC
    53  bc
    54  grep LGHDC pdbc | wc -l
    55  grep LGHDD pdbc | wc -l
    56  grep LGHDE pdbc | wc -l
    57  cd
    58  ls
    59  rm hpr.*
    60  ls
    61  rm hpr
    62  rm tims
    63  rm tims.aln
    64  ls
    65  wget https://yea4.us/451/data/hpr
    66  less hpr
    67  clustalw
    68  less hpr.aln
    69  clustalo -in hpr -out hpr.clustalo
    70  clustalo -hq
    71  clustalo -i hpr -o hpr.clustalo -v
[kevshaw@451]$