[kevshaw@451]$ history
     1  w
     2  top
     3  w
     4  mkdir docking
     5  cd docking
     6  gfp -f 1iwl
     7  less 1IWL.pdb
     8  rm *
     9  less 3IWL.pdb
    10  gfp -f 3iwl
    11  less 3IWL.pdb
    12  grep TCE 3IWL.pdb
    13  grep "^HETATM.*TCE" 3IWL.pdb
    14  grep "^HETATM.*TCE" 3IWL.pdb > tce.pdb
    15  ls
    16  less tce.pdb
    17  grep ATOM 3IWL.pdb
    18  grep ATOM 3IWL.pdb | less
    19  grep ^ATOM 3IWL.pdb | less
    20  grep ^ATOM 3IWL.pdb > 3iwl.pdb
    21  ls -al
    22  rm 3IWL.pdb
    23  prepare-ligand4
    24  prepare-ligand4 -v -A hydrogens -A bonds -l tce.pdb
    25  ls
    26  ls -al
    27  less tce.pdbqt
    28  prepare-receptor4 -v -r 3iwl.pdb -A hydrogens -e True
    29  ls
    30  ls -al
    31  prepare-gpf4 -v -r 3iwl.pdbqt -l tce.pdbqt
    32  ls -al
    33  less 3iwl.gpf
    34  prepare-dpf4 -v -l tce.pdbqt -r 3iwl.pdbqt
    35  prepare-flexreceptor4 -v -r 3iwl.pdbqt -s THR11_CYS12_CYS15_GLY27_GLY28_HIS46
    36  ls -al
    37  less 3iwl_
    38  less 3iwl_flex.pdbqt
    39  autogrid4 -p 3iwl.gpf
    40  autogrid4 -p 3iwl.gpf | less
    41  autodock4 -p tce_3iwl.dpf -l log.file
[kevshaw@451]$