[kevshaw@451]$ history
     1  cd mt
     2  mkdir mt
     3  cd mt
     4  ls
     5  gfp -f 1luc
     6  less 1LUC.pdb
     7  molauto 1LUC.pdb | molsort > tmp
     8  less tmp
     9  head -12 tmp > 1luc.ms
    10  cat 1luc.ms
    11  echo "set planecolour rgb 1.0 1.0 0.0;" >> 1luc.ms
    12  cat 1luc.ms
    13  grep A tmp
    14  grep ' A' tmp
    15  grep ' A' tmp >> 1luc.ms
    16  less 1luc.ms
    17  echo "set planecolour rgb 0.0 0.0 1.0;" >> 1luc.ms
    18  grep ' B' tmp >> 1luc.ms
    19  tail -1 tmp
    20  tail -1 tmp >> 1luc.ms
    21  history
    22  molscript < 1luc.ms > 1luc.ps
    23  convert 1luc.ps 1luc.jpg
    24  naccess 1LUC.pdb
    25  cat 1LUC.rsa
    26  gfp -fc 1luca
    27  naccess 1LUCA.pdb
    28  tail -5 1LUC.rsa ; tail -5 1LUCA.rsa
    29  bc
    30  grep SEQRES 1LUC.pdb
    31  grep SEQRES 1LUC.pdb | grep ' A '
    32  grep SEQRES 1LUC.pdb | grep ' A ' | cut -c20-70
    33  grep SEQRES 1LUC.pdb | grep ' A ' | cut -c20-70 | tr ' ' ' '
    34  grep SEQRES 1LUC.pdb | grep ' A ' | cut -c20-70 | tr ' ' ' ' | less
    35  grep SEQRES 1LUC.pdb | grep ' A ' | cut -c20-70 | tr ' ' ' ' | grep ASP
    36  grep SEQRES 1LUC.pdb | grep ' A ' | cut -c20-70 | tr ' ' ' ' | grep ASP | wc -l
    37  grep SEQRES 1LUC.pdb | grep ' A ' | cut -c20-70 | tr ' ' ' ' | grep GLU | wc -l
    38  less 1LUC.rsa
    39  grep RES 1LUC.rsa
    40  grep RES 1LUC.rsa | less
    41  grep RES 1LUC.rsa | grep ASP
    42  grep RES 1LUC.rsa | grep ASP | grep ' A '
    43  grep RES 1LUC.rsa | grep ASP | grep ' A ' | cut -c38-42
    44  grep RES 1LUC.rsa | grep ASP | grep ' A ' | cut -c38-42 | tr ' ' '+'
    45  grep RES 1LUC.rsa | grep ASP | grep ' A ' | cut -c38-42 | tr ' ' '+' > math
    46  cd math
    47  nano math
    48  grep SEQRES 1LUC.pdb | grep ' A ' | cut -c20-70 | tr ' ' ' ' | grep ASP | wc -l
    49  grep RES 1LUC.rsa | grep ASP | grep ' A ' | cut -c38-42 | wc -l
    50  nano math
    51  bc -lq math
    52  less 1LUC.pdb
    53  cat math
    54  cd
    55  mkdir ss
    56  cd ss
    57  molauto -h
    58  gfp -f 9rnt
    59  ls
    60  gfp -f 1234567
    61  dssp 9RNT.pdb
    62  dssp 9RNT.pdb | less
    63  dssp 9RNT.pdb | dssp2strp
    64  dssp 9RNT.pdb 2> /dev/null | dssp2strp
    65  stride 9RNT.pdb | less
    66  cd
[kevshaw@451]$